Una vez que la muestra se recibe en el laboratorio de microbiología, el manejo de la misma incluye:

 

1. Recepción de la muestra: consiste básicamente en determinar si la muestra cumple o no los requisitos de calidad necesarios para ser procesada. Estos requisitos incluyen: la correcta identificación de la muestra, la valoración sobre si existe una cantidad adecuada para el estudio solicitado y la comprobación de las condiciones adecuadas de transporte y conservación. Cada laboratorio debe elaborar y distribuir los criterios de aceptación y rechazo de las muestras.

 

2. Procesamiento: consiste en la preparación de las muestras, la realización de tinciones, y la inoculación en los medios de cultivo para su posterior incubación. En este proceso es preciso considerar: a) el tipo de muestra enviada, b) el diagnóstico clínico del paciente y c) la petición solicitada. El tipo de muestra enviada determina si requiere o no pretratamiento (centrifugación, homogeneización) previo a la inoculación de los medios de cultivo. La información clínica del paciente es fundamental para la selección de los medios de cultivo a inocular y su posterior incubación. De modo general, en función del tipo de muestra, el laboratorio utiliza unos medios de cultivo primarios que permiten el aislamiento de la mayoría de los agentes etiológicos más frecuentes de los distintos procesos infecciosos. Sin embargo, en ocasiones el síndrome clínico puede estar causado por microorganismos poco frecuentes cuyo aislamiento requiere el uso de medios de cultivo específicos y/o selectivos no habituales. La sospecha de la participación de alguno de estos microorganismos poco habituales, debe comunicarse al laboratorio. Igualmente, el laboratorio debe dar a conocer a los clínicos de su institución qué microorganismos investiga rutinariamente y cuáles debe especificar en la petición (cartera de servicios o catálogo de pruebas).

Aunque el aislamiento por cultivo y continúa siendo una las técnicas más frecuentemente empleadas en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas, existen en la actualidad otras técnicas cuya principal ventaja sobre el cultivo es la rapidez diagnóstica. Estas técnicas de diagnóstico rápido se basan en la detección de antígenos y de ácidos nucleicos o en la detección de la respuesta inmunológica. Si bien la detección de ácidos nucleicos no está al alcance de todos los laboratorios, las técnicas de detección de antígenos no requieren tecnología ni equipos especiales y son fáciles de realizar. Las técnicas más utilizadas son la inmunofluorescencia directa, la aglutinación con partículas de látex, el enzimoinmunoensayo y la inmunocromatografía. Otras técnicas de diagnóstico rápido basadas en la detección de la respuesta inmunológica (anticuerpos principalmente) han demostrado ser muy útiles en el diagnóstico de determinadas enfermedades infecciosas. Las técnicas más utilizadas son el Rosa de Bengala (para el diagnóstico de la brucelosis), y la detección por anticuerpos heterófilos (para el diagnóstico de la mononucleosis infecciosa), el RPR (para el diagnóstico de la sífilis), y la detección rápida presuntiva de infección por el VIH. En la actualidad existen múltiples equipos comercializados para la detección de numerosos microorganismos en determinadas muestras clínicas que han demostrado utilidad.